شەرقىي تۈركىستان ئىسلام جۇمھۇرىيىتى ھۆكۈمىتى ناھايىتى قىسقا ۋاقىت ئىچىدە يىقىلىپ ئۇزۇن ئۆتمەي، 1938-يىلى سېنتەبىردە شىڭ شىسەي سىتالىننىڭ ئالاھىدە مېھمىنى سۈپىتىدە موسكوۋاغا بېرىپ، سوۋېت ئىتتىپاقى كوممۇنىستىك پارتىيەسىگە ئەزا بولىدۇ. خوجا نىياز ھاجى قوزغىلىڭى 1937- يىلى ئاپرېلدا باستۇرۇلىدۇ. ئۇنىڭدىن كېيىن شېرىپ خان تۆرە ۋە باشقا مۇجاھىتلار قاتتىق قىيىن-قىستاق بىلەن ئۆلتۈرۈلىدۇ. شۇ يىلى بارىكۆل خەلقى 4 قېتىم قوزغىلاڭ كۆتۈرىدۇ. 1940-يىلى فېۋرالدا ۋە 1941-يىلى ئىيۇندا ئالتاي خەلقى قوزغىلاڭ كۆتۈرىدۇ. تولىمۇ ئەپسۇسكى، بۇ قوزغىلاڭلارنىڭ ھەممىسى قانلىق شەكىلدە باستۇرۇلىدۇ.
-1944يىلى سېنتەبىردە غۇلجىدا خەلق قوزغىلاڭ كۆتۈرۈپ زور ئۇتۇققا ئېرىشىپ، ئېلى، ئالتاي، تارباغاتاي قاتارلىق ۋىلايەتلەرنى خىتاينىڭ قولىدىن قۇزتقۇزىدۇ. 1944-يىلى 12-نويابىردا «شەرقىي تۈركىستان جۇمھۇرىيىتى» ئېلان قىلىنىدۇ. بۇ ئەھۋال شەرقىي تۈركىستان يېقىنقى زامان تارىخىدا ناھايىتى ئەھمىيەتلىك ئىشلاردىن بىرى بولۇپ ھېسابلىنىدۇ.
يېڭى قۇرۇلغان شەرقىي تۈركىستان جۇمھۇرىيىتىنىڭ جۇمھۇر رەئىسى ئەلىخان تۆرە، مۇئاۋىن جۇمھۇر رەئىس ھېكىمبەگ خوجا، باش كاتىپ ئابدۇررەئۇپ مەخسۇم، مالىيە مىنىستىرى ئەنۋەر مۇساباي، مائارىپ مىنىستىرى سەيپىدىن ئەزىزى، سەھىيە مىنىستىرى مۇھىتتىن قانات ۋە ئەدلىيە مىنىستىرى مۇھەممەدجان مەخسۇم ئىدى.
ھۆكۈمەت غۇلجىدا قۇرۇلغاندىن كېيىن، رۇسلار قوزغىلاڭچىلارغا قورال-ياراغ، ھەربىي ۋە سىياسىي مەسلىھەتچىلەر ئەۋەتىدۇ. سوۋېت ئىتتىپاقى بۇ مەسلىھەتچىلەرنىڭ ۋاسىتىسى ئارقىلىق، قوزغىلاڭچىلارنى خىتاي بىلەن كېلىشىم ھاسىل قىلىشقا ئۈندەيدۇ. شۇنداق قىلىپ، خىتاي بىلەن قوزغىلاڭچىلار ئارىسىدا ئۇزۇنغا سوزۇلغان مۇزاكىرىلەر باشلىنىپ كېتىدۇ. گومىنداڭ ھۆكۈمىتى «ئۈچ ئەپەندى» دەپ ئاتالغان ئەيسا يۈسۈپ ئالپتىكىن، مۇھەممەد ئىمىن بۇغرا ۋە مەسئۇت سابىرى قاتارلىق زاتلارنى ۋەكىل سۈپىتىدە تاللاپ قوزغىلاڭچىلار بىلەن سۆھبەت ئۆتكۈزۈش ئۈچۈن شەرقىي تۈركىستانغا ئەۋەتىدۇ. ئۈچ ئەپەندى شەرقىي تۈركىستانغا كەلگەندىن كېيىن، بىر قاتار يىغىن ئۇيۇشتۇرىدۇ. ئۈچ ئەپەندى يىغىنلاردا ھەقىقىي مەنىدىكى مۇستەقىللىققا ئېرىشىش ئۈچۈن، ئالدى بىلەن خىتايغا بېقىنغان ئاساستا بىر مىللىي مۇختارىيەت قۇرۇپ چىقىپ، شەرقىي تۈركىستانلىقلارنىڭ مەدەنىيىتى، ئىدېئولوگىيەسى ۋە ئىقتىسادىي تۇرمۇشىنى گۈللەندۈرۈشنىڭ ئەڭ توغرا يول بولىدىغانلىقىنى؛ ئەھۋال بىر مەزگىل مۇشۇ پېتى داۋاملاشقاندا شەرقىي تۈركىستاننىڭ رۇسيەنىڭ چاڭگىلىغا چۈشۈپ كېتىشىنىڭ ئالدىنى ئالغىلى بولىدىغانلىقىنى كۈچەپ تەكىتلىشىدۇ. ئۈچ ئەپەندى تەشكىللىگەن بۇ يىغىنلارغا ياشلار ناھايىتى ئاكتىپ ئاۋاز قوشىدۇ. ئىككى تەرەپ بىر يۈرۈش سۆھبەتلەرنى ئۆتكۈزگەندىن كېيىن، ئاخىرى كېلىشىم ھاسىل بولىدۇ. لېكىن كېلىشىمنى ئېتىراپ قىلمىغان ئەلىخان تۆرەم بىلەن بىر قانچە ھۆكۈمەت باشلىقلىرىنى سوۋېتلەر ئىتتىپاقىغا ئېلىپ كېتىدۇ.تارىخىي مەنبەلەرگە ئاساسلانغاندا، كېلىشىم نەتىجىسىدە، ئۈرۈمچىدە 15ى يەرلىك، 10ى خىتاي بولۇپ، جەمئىي 15 كىشىلىك بىر ھۆكۈمەت قۇرۇلىدۇ. گومىنداڭ گېنېرالى جاڭ جىجۇڭ ھۆكۈمەت باشلىقى، رۇس تەرەپدارى ئەخمەتجان قاسىمى بىلەن بۇرھان شەھىدى مۇئاۋىن ھۆكۈمەت باشلىقى بولۇپ سايلىنىدۇ. مۇھەممەد ئىمىن بۇغرا تەمىرات مىنىستىرى، جانىمقان مالىيە مىنىستىرى، ئەيسا يۈسۈپ ئالپتىكىن ۋاكالەتسىز ئەزا، مەسئۇت سابىرى بولسا باش تەپتىش سۈپىتىدە ھۆكۈمەتتىن ئورۇن ئالىدۇ.
گومىنداڭ ئىنقىلابچىلارنىڭ باشقۇرۇشى ئاستىدىكى غۇلجا، ئالتاي ۋە تارباغاتاي قاتارلىق سوۋېت ئىتتىپاقىنىڭ قوللىشىغا ئېرىشكەن بۇ رايونلارنى تىزگىنلەشتىن ئىنتايىن ئاجىز ئىدى. خىتاينىڭ شەرقىي تۈركىستاننىڭ جەنۇبىدىكى رايونلاردا يولغا قويغان خىتايلاشتۇرۇش سىياسىتى، خەلقنى خىتايدىن نەپرەتلەندۈرۈپ، سوۋېت ئىتتىپاقىغا مايىللاشتۇرغان ئىدى. بۇ ۋەزىيەتتىن چۆچىگەن گومىنداڭ ھۆكۈمىتى مەسئۇت سابىرىنى ھۆكۈمەت رەئىسلىكىگە، ئەيسا يۈسۈپ ئالپتىكىننى ھۆكۈمەتنىڭ باش كاتىپلىقىغا، شەرقىي تۈركىستاننىڭ باشقۇرۇش ھۇقۇقىنى مىللەتچىلەرگە تاشلاپ بېرىدۇ. ھۆكۈمەتتىكى رۇس تەرەپدارلىرى بۇ ئەھۋالدىن نارازى بولۇپ، ھۆكۈمەتتىن ئىستېپا بېرىپ غۇلجىغا قايتىپ كېتىدۇ. ئەلۋەتتە ئۇلار ئۆز مەيلى بويىچە ھۆكۈمەتتىن ئىستېپا بەرمەيدۇ.
مىللەتچى ھۆكۈمەت ئالدى بىلەن مىللىيلەشتۈرۈش سىياسىتىنى ئەمەلىيلەشتۈرۈش ئۈچۈن مائارىپ سىياسىتىنى يۈرگۈزىدۇ. بۇ ئەھۋال خىتاي بىلەن سوۋېت ئىتتىپاقىنى ئەندىشىگە سېلىپ قويىدۇ. 1948-يىلى شەرقىي تۈركىستاندا ۋەزىپە ئۆتەپ تۇرۇۋاتقان خىتاي قوماندانلىق قىسىملىرىنىڭ باش قوماندانى بىر خىتابنامە ئېلان قىلىپ، يەرلىك مىللەتچىلەرنىڭ سوۋېت ئىتتىپاقى تەرەپدارلىرىدىن تېخىمۇ خەتەرلىك بولىدىغانلىقىنى كۈچەپ تەكىتلەپ تەشۋىقات پائالىيىتى ئېلىپ بارىدۇ.
بۇ مەزگىلدە ماۋ زېدۇڭنىڭ مەشھۇر ئۇزۇن سەپىرى ئاخىرقى پەللىسىگە كېلىپ قالغان ئىدى. خىتاي ھۆكۈمىتى سوۋېت ئىتتىپاقىغا ياخشىچاق بولۇش مەقسىتىدە، 1949-يىلى 1-يانۋاردا مەسئۇت سابىرى بىلەن ئەيسا يۈسۈپ ئالپتىكىننى ۋەزىپىسىدىن ئېلىپ تاشلاپ، ئورنىغا رۇسيە چوماقچىسى بولغان بۇرھان شەھىدىنى تەيىنلەيدۇ. بۇ مەزگىلدە خىتاي كوممۇنىستلىرى خىتاينى تامامەن چاڭگىلىغا چۈشۈرۈپ بولغان بولۇپ، شەرقىي تۈركىستان چېگراسىغا ئەسكەر توپلىغان ئىدى. 1949-يىلى سېنتەبىردە شەرقىي تۈركىستاندىكى گومىنداڭ قىسىمىنىڭ باش قوماندانى، خىتاي كوممۇنىستىك ھۆكۈمىتىنىڭ قوينىغا ئۆزىنى ئاتىدۇ. نەتىجىدە خىتاي كوممۇنىست ئارمىيەسى ھېچقانداق ھەربىي قىسىم بىلەن تىركەشمەيلا ئاسانلا شەرقىي تۈركىستانغا بېسىپ كىرىدۇ. شۇنداق قىلىپ بۇ كۈندىن ئېتىبارەن شەرقىي تۈركىستاننىڭ زۇلمەتلىك كۈنلىرى باشلىنىدۇ. يۈز مىڭلىغان ئۇيغۇر تۈرمىلەرگە تاشلىنىدۇ، ئۆلتۈرۈلىدۇتۈركىيە ئاۋازى رادىيوسى